Wskazania do rehabilitacji metodą Vojty można dostrzec już w okresie noworodkowym dziecka, informują o tym pewne zachowania dzieci, takie jak prężenie nóżek, asymetryczne ułożenie ciała, które nadmiernie, mimowolnie odgina się w prawo lub lewo, nienawiązywanie kontaktu wzrokowego, odchylanie główki do tyłu i prężenie przy tym tułowia, zaciskanie piąstek z kciukiem wewnątrz dłoni, drżenie nóg lub rąk, zbyt małe napięcie mięśniowe. Wczesna diagnoza daje możliwość rozpoczęcia szybko rehabilitacji, dzięki której jest szansa, by zapobiec poważniejszym zaburzeniom rozwoju motorycznego.

Ponadto metodę Vojty stosuje się też w rehabilitacji dzieci z rozszczepem kręgosłupa, z zespołem Downa, uszkodzeniami splotu ramiennego, które wystąpiły w trakcie porodu, przy przepuklinie oponowo-rdzeniowej, dysplazji stawu biodrowego oraz wrodzonych miopatiach, które obejmują grupę chorób związanych z uszkodzeniem mięśni.